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Les algues présentes dans les rivières et rizières pourraient rapidement se retrouver dans les réservoirs des véhicules. De nombreux projets industriels et académiques tentent d'obtenir du biocarburant à partir de la culture massive d'algues en les mélangeant avec des carburants diesel. Ce mélange est actuellement testé sur les véhicules automobiles et pourrait bientôt alimenter les avions à l'horizon 2020.
Dans la préfecture de Kanagawa, à la station de Shonandai de Fujisawa, on peut trouver une navette "DeuSEL" effectuant 22 trajets jusqu'à l'usine d'Isuzu Motors grâce à un biocarburant contenant 1% de carburant issu d'euglena (ou euglènes). Celle-ci a été mise place en juillet dernier en collaboration entre Isuzu et Euglena Co. afin de vérifier les performances du carburant en conditions réelles. La start-up Euglena développe un carburant pour avion en collaboration avec JX Nippon Oil & Energy et Hitachi. Les compagnies aériennes souhaitent fortement utiliser des biocarburants pour réduire leurs émissions de CO2. L'entreprise souhaite réaliser un produit contenant 10% de biocarburant et utilisé par les compagnies japonaises d'ici 2020.