L'épuisement des réserves fossiles et la forte production de gaz à effet de serre que leur utilisation induit poussent les chercheurs à développer de nouveaux carburants plus durables, produits à partir de matière organique non fossile (biomasse). La première génération de biocarburants a ainsi été mise au point en extrayant l'huile de plantes telles que le colza et le tournesol, ou le sucre des betteraves, des cannes à sucre et d'autres céréales. Dès 2008 l'ONU s'est inquiété de la forte compétition de la production de ces biocarburants avec les cultures à usage alimentaire, et a appelé à leur abandon au profit d'une deuxième génération de biocarburants. Celle-ci est produite à partir de la partie non consommable alimentairement de la biomasse (paille, feuilles...) ou à partir de cultures dédiées à croissance rapide qui entrent moins en compétition avec l'agriculture. Leur bilan environnemental et énergétique est meilleur mais la compétition pour les terres arables et l'eau existe toujours. Les chercheurs se tournent donc désormais vers une nouvelle génération ("3G") de biocarburants produits à base de lipides extraits des microalgues.
Dans la préfecture de Kanagawa, à la station de Shonandai de Fujisawa, on peut trouver une navette "DeuSEL" effectuant 22 trajets jusqu'à l'usine d'Isuzu Motors grâce à un biocarburant contenant 1% de carburant issu d'euglena (ou euglènes). Celle-ci a été mise place en juillet dernier en collaboration entre Isuzu et Euglena Co. afin de vérifier les performances du carburant en conditions réelles. La start-up Euglena développe un carburant pour avion en collaboration avec JX Nippon Oil & Energy et Hitachi. Les compagnies aériennes souhaitent fortement utiliser des biocarburants pour réduire leurs émissions de CO2. L'entreprise souhaite réaliser un produit contenant 10% de biocarburant et utilisé par les compagnies japonaises d'ici 2020.